Mehr als 25 verschiedene Häfen säumen z. Zt. die Außen und Innen-Küsten der Inseln Rügen, Hiddensee und Ummanz. Sie dienen dem Ausflugs-, Fähr- und Sportbootverkehr, der Fischerei und in gewissem Maße dem Güterverkehr oder der Verschiffung verschiedener landwirtschaftlicher Produkte. Seen und Boddengewässer boten seit jeher günstige Bedingungen für die Anlage von Häfen. Das beweist z. B. die Ausgrabung von Großbooten in der Nähe von Ralswiek. Größte Häfen sind heute: Der Stadthafen und der Fährhafen Saßnitz. Der Bau des Stadthafens Saßnitz begann im Jahre 1889. Hauptgründe dafür waren der bessere Abtransport der Rügener Kreide und der zunehmende Personenverkehr per Schiff. Seine Bedeutung nahm stetig zu. Er wurde Ausgangspunkt der Eisenbahnfähre Saßnitz – Trelleborg, beherbergte eine große Fischereiflotte und wurde gleichzeitig als Marinehafen genutzt. 1986 ging der Fährhafen Mukran in Betrieb. Fünf Großfähren hatten im Linienbetrieb Güter zwischen der DDR und der UdSSR zu transportieren. Heute firmiert dieser Hafen unter „Fährhafen Saßnitz“. Eine besondere Stellung nahm die Halbinsel Bug ein. Ab 1683 nutzte dort mehr als ein Jahrhundert das von Ystadt (Schweden) kommende Postschiff einen Anleger. Er wurde ergänzt und vervollkommnet durch das so genannte „Wittower Posthaus“. Hier fanden Post- und Passagieraustausch statt. Im vorigen Jahrhundert diente der Bug militärischen Zwecken. Es entstand letztlich ein rein militärisch orientierter Hafen, der heute seiner kommerziellen Verwendung harrt. Ein Kuriosum stellt der in den 30ziger und 50ziger Jahren des 20. Jahrhunderts Durchstichversuch zwischen Bobbin und Glowe von der Ostsee zum Großen Jasmunder Bodden dar. Er sollte der Auftakt zur umfassenden militärischen Nutzung dieser Region sein. Sassnitz-Mukran. Fähren fahren nach Trelleborg / S, Roenne / Dk und Kleipeda / Litauen. Fährhafen Saßnitz: http://www.faehrhafen-sassnitz.de

Nachdem im Jahre 1168 die Dänen die Insel Rügen erobern konnten, endete auch hier die Macht der bis dahin das politische und geistige Leben bestimmenden Priesterschaft alter Gottheiten. Die Christianisierung vollzog sich relativ schnell. Rügen gehörte ab sofort zum Bistum Roskilde. Lehnsherr des Rügenfürsten war der dänische König. Beredtes Zeugnis der damaligen Veränderungen sind die Kirchen. Anfänglich aus Holz errichtet, wurden sie alsbald durch sehenswerte Bauwerke aus Ziegel- und Feldsteinen ersetzt. Besonders markante Beispiele sind u. a. die Bergener Marienkirche (als Teil einer Residenz geplant, Baubeginn um 1180) und die nördlichste Kirche Rügens in Altenkirchen (Baubeginn etwa 1200). Heute sind auf Rügen mehr als 40 Kirchen zu besichtigen. Bedeutsame Klöster für Rügen waren das Nonnenkloster in Bergen, das Zisterzienser-Kloster Eldena/Greifswald (für die Halbinsel Mönchgut) sowie das Zisterzienser-Kloster Neuenkamp/Franzburg (für Hiddensee).